Obwohl die Nutzung von Wasserkraft zur Energiegewinnung meist als besonders "ökologisch" gepriesen wird, sind mit ihr teilweise erhebliche Eingriffe in die Natur und Landschaft verbunden. So wurde eines der bedeutendsten Naturdenkmale am Rhein, der Kleine Laufen bei Laufenburg für das erste stromquerende Kraftwerk am Rhein gesprengt. Das Kraftwerk ging 1914 in Betrieb. Auch für den Rheinfall von Schaffhausen (auch Großer Laufen) wurden ab 1887 mehrfach Anstrengungen unternommen, die "nutzlos zu Tale stürzenden Wassermassen" der Energiegewinnung zuzuführen. Ein aktuelles Beispiel, bei dem die Energiegewinnung durch Wasserkraft gleichzeitig ein gravierender Eingriff in ein Ökosystem bedeutet, ist der Drei-Schluchten-Damm am Jangtsekiang in China.

Als "ökologisch verträgliche" Laufkraftwerke werden Strom-Bojen angesehen. Sie verändert das Landschaftsbild nur minimal und sollen auch nur geringe Auswirkungen auf die Gewässerökologie haben.